Over de juiste betekenis van beide begrippen is er geen consensus. Op http://www.encyclo.nl/begrip/genoom wordt het begrip genoom bv op verschillende wijze geïnterpreteerd, gaande van het genetisch materiaal van een individueel organisme (5 en 18) tot de volledige set genen van een organisme(8), wat ik interpreteer als alle genen met hun verzameling allelen
5.genoom
het geheel van alle genen van de chromosomen van een individu
Gevonden op http://www.mijnwoordenboek.nl/vertaal/NL/NL/genoom
8.Genoom
De complete set genen van een organisme.
Gevonden op http://www.van-osch.com/bwlrgw.htm
18.Genoom
Het `genoom` van een organisme omvat één complete set van chromosomen. In een somatische cel van een diploïd organisme komen twee sets chromosomen voor. Het genoom beschrijft aldus de combinatie van alle erfelijke factoren, het legt het genotype voor alle eigenschappen vast. De wetenschap die het…
Gevonden op http://nl.wikipedia.org/wiki/Genoom

Wij gebruiken genoom in de betekenis van de volledige verzameling van alle genen met al hun allelen van een organisme. Op die manier maken we een duidelijk onderscheid met genotype dat we voorbehouden voor het genetisch materiaal van een individu. We volgen daarbij grotendeels de interpretatie van
http://www.evolutietheorie.ugent.be/woordenboek waarop we lezen:
Genoom:
De complete erfelijke informatie van een organisme. Doorgaans is deze informatie vastgelegd als DNA; veel virussen hebben RNA in plaats van DNA. Het genoom omvat al het DNA of RNA van het organisme, dus het DNA (of RNA) dat de informatie bevat (‘codeert’) voor eiwitten en ook de niet-coderende gedeeltes van het DNA of RNA.
Genotype:
De genetische aanleg van een organisme, individu of cel, zoals vastgelegd in het DNA.

Als men, zoals de definitie het sugereert, het genotype altijd beschouwt als "de aanleg van een organisme", dan zijn haast alle genotypes uniek, gezien de combinaties van alle genen (ingevuld door allelen) voor elk organisme meestal erg uniek zijn.

Ik kwam het woord genotype tegen in de context van erfelijkheidsleer waar het slaat op een allel-combinatie van een bepaald gen. Dit geldt dus enkel voor organismen met meerdere homologe chromosomen. Aangezien daar meestal slecht 1 van de allelen zich kan manifesteren in het uiteindelijk organisme (het fenotype) zijn er dus meerdere combinaties mogelijk: Men benoemt deze dan als zijnde organismen van genotype zus of genotype zo. In die context zijn genotypes alle mogelijke combinaties die zich kunnen voordoen met de in het genoom aanwezige alellen voor 1 bepaald kenmerk. Al deze combinaties zijn aanwezig in de populatie maar manifesteren zich niet in gelijke verhoudingen in de werkelijkheid. Door het feit dat sommige alellen van een combinatie dominant zijn en er slechts 1 allel zich kan manifesteren zijn het aantal mogelijke verschijningsvormen fenotypes altijd kleiner dan het aantal genotypes.

In deze context blijft het aantal mogelijke genotypes constant zolang er geen nieuwe alellen ontstaan. In de context van de definitie zoals geformuleerd in vorige post van Jan verandert het aantal genotypes constant aangezien elk organisme een uniek genotype heeft door de unieke combinatie van genen die elk organisme heeft.

Als men het volgens mij heeft in wetenschappelijke litteratuur over een genotype dan spreekt men hier enkel over met in het achterhoofd een bepaald gen, geen gencombinaties of het totaal aan genen in een organisme.

Het deel-woord "type" wijst toch al naar een poging om een structuur/groepering in een massa te brengen. Genotype dat slaat op "De genetische aanleg van een organisme" is uniek voor elk organisme en kan dus onmogelijk in categorien gedeeld worden.